地名由来：1937年瑷珲县南境析置孙吴县，以孙、吴两家地营子得名，据说在很久以前有孙吴二姓居住于此，故名。

2022年2月，农业农村部办公厅认定孙吴县为国家级制种大县（大豆）。

2021年6月，孙吴县上榜2021年农产品电商百强县名单，代表农产品为水果(沙棘)、豆制品。

2021年5月，根据第七次全国人口普查结果，孙吴县人口数量为7.34万人，位列黑河市各县市区人口数量排行榜第6位，位列黑龙江各县市区人口数量排行榜第101位，位列全国各县市区人口数量排行榜第2656位。

2020年12月，农业农村部办公厅认定孙吴县为全国第五批率先基本实现主要农作物生产全程机械化示范县（市、区）。

2018年2月，孙吴县上榜2017年全国义务教育发展基本均衡县（市、区）名单。

孙吴县地处黑龙江省北部、小兴安岭北麓、黑河市中部，北邻黑河市，南接五大连池市，西连嫩江县，东与逊克县毗邻，是黑河市的重要交通枢纽。边境线长35公里，与俄罗斯阿穆尔州的康斯坦丁诺夫卡区隔黑龙江相望。全县总面积4318.9平方公里，辖2镇9乡（含1个民族乡）、94个行政村，2个国营农牧场、7个国有林场。

孙吴县位于东经126°40′—128°，北纬48°59′—49°42′，属寒温带大陆性季风气候，横跨四、五、六三个积温带，年平均气温为-0.6℃，平均日照2551.5小时，平均降雨量400—650毫米，平均降雪期为215天，有效积温在1800℃—2200℃之间，无霜期为80—120天，大于等于5级风平均日数为103.1天，风能资源丰富。孙吴铁路、公路、水运交通网络纵横交错，哈黑铁路、202国道纵贯全境，县城北距黑河口岸飞机场、东临逊克口岸均百余里，是黑河地区大宗商业物资的重要中转地。孙吴县外向型经济发展潜力较大，拥有对外开放的国家一类水运口岸，沿黑龙江上行可达黑河、漠河等边境市县，下行可达佳木斯、哈尔滨等大中城市，沿黑龙江入海口可通往太平洋沿岸各大港口，具有发展江海联运的后发优势。近年来，先后与俄罗斯的布拉戈维申斯克、洁雅、希马诺夫斯克等城市建立了友好关系，对俄经贸活动日益广泛。

孙吴县历史悠久。早在唐朝时期，隶属室韦都护府管辖；金代属蒲与路管辖；元朝初期，属乃颜封地，后属开元路矢宝赤万户府管辖；明朝时期，为奴儿干都司所辖；清代顺治元年归盛京总管统辖，后为宁古塔昂邦章京所辖；康熙24年至38年属黑龙江将军所辖下的瑗珲副都统所辖；宣统元年属瑷珲兵备道；民国元年，属瑷珲直隶厅所辖；1913年3月至1937年9月，归属瑷珲县。伪满康德4年（即：1937年）12月1日成立伪孙吴县公署，隶属伪黑河省；1945年11月建立红色政权，归属黑河地区所辖。1977年4月，孙吴将奋斗公社所辖六连、八连（今靠山村）和十二连（今河西村）、茅栏河以东地域划归逊克县；1979年3月至4月，孙吴与五大连池市（原德都县）、嫩江县分别明确了边界。

历史沿革：

唐属室韦都护府。

金属蒲与路。

元属乃颜封地，后属开元路矢宝赤万户府。

明属努尔干都指挥使司。

清顺治十年（1653），属宁古塔昂帮章京。

康熙二十二年，（1683）属黑龙江将军治下瑷珲副都统。

宣统元年（1909年），属瑷珲兵备道。

1913年，属瑷珲县第八区。

1937年12月，设孙吴县，隶属黑河省。

1940年，将今二道河以东划入。

1945年12月，设孙吴县。

名称沿用至今。